1. 農業用地作農業設施容許使用申請書。
2. 代理申辦畜牧設施容許使用（畜牧場登記）委託書（自辦者免附）。
3. 畜牧場登記申請書(申請表分一般農戶、公司組織)。
4. 負責人或主要管理人之資格證明文件（即：所在地公所開立之兩年以上畜牧業經營管理工作證明書，或畜牧及獸醫相關學歷證明等）。
5. 地籍圖謄本及土地登記謄本（一個月內有效）。屬都市土地者，應另檢附都市計畫土地使用分區證明。
6. 畜牧場經營生產計畫書。
7. 畜牧場位置圖及畜牧設施配置圖（比例尺應大於或等於1/1200，圖面需加蓋土地所有權人及申請者私章）。
8. 主要畜牧設施說明書。
9. 土地使用權同意書（土地自有者免附）。
10. 畜牧設施使用權同意書（畜牧設施自有者免附）。
11.身分證明文件影本(包含負責人、管理人、土地所有權人、畜牧設施所有權人等，並加蓋私章)；屬法人者，應檢具法人登記證明文件影本。
12.申請地若已有飼養動物事實，需檢附死廢畜禽委託化製場代處理合約書影本及特約獸醫師合約書（如負責人或主要管理人為該場駐場獸醫師應檢附獸醫師證書及執業執照影本）。
13.嘉南農田水利會版橋使用同意書（無涉及水利會之水路者免附）。
14.畜牧場不使用地下水切結書(使用地下水者須有合法申請鑿井證明文件)。
15.「經環境保護主管機關審查核准之污染防治措施計畫書」或「排放許可證」或「檢附環保單位或認可代檢機構放流水檢驗合格報告（自上開合格報告申請日起六個月內有效）或「無排放水畜牧場會勘簽單」。
16.其他文件：如為舊場新增設施者應檢附舊有容許使用同意書、使用執照、設施配置圖、畜牧場登記證書、飼養場登記證等相關資料影本供審核。