昔時學甲為平埔族-西拉雅族居住，明永曆十五年，延平郡王鄭成功來台驅荷，置兵撫慰居民「西拉雅族」實行墾荒地為良田，蓄精養銳，時福建、漳泉兩地百姓，忠於明室者，多從鄭成功入台，內有李、陳、謝、莊、郭、賴、吳、王、林、蔡、侯、戴、蘇等姓，漸移居宅港、草坔、大灣、頭港、紅茄、新芳、頂洲、中洲等一帶荒野，經年累月，人口逐漸增加，結成部落，隨後漳、泉百姓移住者日眾，「西拉雅族」漸循入深山，學甲遂為漢人居住之地。
光緒元年，台灣設台灣、台北兩府，台灣府轄有台灣、嘉義兩縣，學甲隸屬於嘉義縣。光緒十四年台灣府新設台南府、台東直轄洲，本區仍隸台南府轄下嘉義。
光緒二十年清日甲午戰爭，翌年清國戰敗，三月訂立馬關條約，割讓台灣為日本殖民地，同年十月，學甲、將軍、北門等地住民，悲痛台灣割讓於日本，不願作異族奴隸，群起抵抗，誓不屈服，紛紛組織抗日軍，在大埔口（今之平東里）與急水溪（宅港里二港子部落）兩處，作一晝夜之死鬥，無奈戰術懸殊，終被擊敗，民眾紛紛逃亡，而宅港與學甲之房屋悉被日軍放火焚燬，老弱婦幼即逃奔至蕭壠社，但因蕭壠社有一住民勇敢手舉割鎌潛在竹籃巷殺死日軍指揮官，引起日軍憤恨，竟將蕭壠社民眾悉數殺滅。
明治二十九年二月十六日，日政府將台北、台灣、台南等三府改為台北、台中、台南等三縣、學甲社改為學甲堡仍隸台南縣轄學甲、中洲、宅子港、學甲寮、溪洲子寮、溪底寮、北門嶼、蚵寮及渡仔頭等庄，同年四月一日更改地方官制改隸屬嘉義縣。翌年十二月二十八日改編為中洲第九區，學甲第十區，各置區長，第九區轄有中洲、溪底寮、北門嶼、蚵寮、渡仔頭等社，第十區轄有學甲、宅仔港、學甲寮、溪洲子寮等庄。明治三十四年十月二十六日廢縣改廳，隸屬鹽水港廳北門嶼支廳。至明治四十三年鹽水港廳合為台南廳，仍隸台南廳北門嶼支廳。迨至大正九年十月一日實行街庄制，廢區置庄，將中洲、學甲兩區合併為「學甲庄」隸屬於台南洲北門郡，轄學甲、中洲、宅子港、學甲寮、溪洲子寮等五大段。二戰後，民國三十五年一月十日改庄為鄉，稱謂學甲鄉仍轄學甲、中洲、宅子港、學甲寮、溪洲子寮等五部落。共二十八村。
民國五十四年十二月，鄉民代表會為配合地方之發展，於第八屆第四次大會通過「改鄉設鎮」案，經鄉公所呈請台南縣政府送經台南縣議會通過後，報奉台灣省政府核准自五十七年二月二日起改制設鎮。六十六年奉省政府行政區域調整之指示，由原二十八里合併為二十六里（原澎城里併入一秀里，東和里併入光華里）。九十三年經內政部核定自九十五年二月一日起調整原學甲鎮行政區域，將原二十六里合併為十三里，計仁得里(無調整)、新榮里(無調整)、光華里(光華里、頭港里合併)、宅港里(無調整)、慈福里(慈生里、百福里合併)、秀昌里(一秀里、煥昌里合併)、明宜里(西明里、宜民里合併)、豐和里(美豐里、美和里合併)、平和里(平東里、平西里合併)、新達里(新生里、達明里合併)、大灣里(文化里、大安里合併)、三慶里(頂洲里、紅茄里、新芳里合併)、中洲里(民吉里、西進里、光明里、白渚里合併)等十三里。九十九年十二月二十五日縣市改制直轄市，臺南縣學甲鎮公所改為臺南市學甲區公所。