一、為提升本計畫輔導種植非基改大豆品質，明年起申報契作大豆者，應以種植農糧署公告之現行國產食用大豆推廣品種為限，並於契作合約書註明大豆品種名稱，以利公所（農會）依契作合約書內容，於糧政系統登錄大豆品種。對於經相關單位查核農地所種大豆非國產食用大豆推廣品種、混充種植，或拒絕配合查核檢測作業者，將依「勘查不合格」規定處理，不予獎勵。農糧署刻正辦理國產食用大豆推廣品種統整，俟確認後公告之。
二、配合「收購公糧稻穀作業要點」第3點相關規定修正，自明年(113)起，申報本計畫相關措施（不含公糧），經核定屬 「申報不符」案件（含112年違規案件），其違規面積除當次耕作措施不核予獎勵，並取消次年一次及同耕作期間申報轉（契）作、生產環境維護措施及自行復耕種植 登記之資格；惟違規面積次年得辦理「復耕保留登記」，並據以認定復耕面積，但不核予任何獎勵金。
三、考量112年第2期作實施停灌區域土地參與本計畫申報生產環境維護措施權益，自明年起，對於前一年度第2期作經公告實施停灌補償土地，當年視同整筆復耕有案，農友得依規定申報1次生產環境維護措施，不受「農地辦理生產環境維護措施作業規範」第4點第1款規定限制。